Sejarah berdirinya Perpustakaan ITS PKU Muhammadiyah Surakarta tidak terlepas dari sejarah ITS PKU Muhammadiyah Surakarta sebagai lembaga induknya, dan merupakan salah satu syarat berdirinya perguruan tinggi adalah adanya perpustakaan  perguruan  tinggi.  ITS PKU Muhammadiyah  mulai  dirintis  sejak  tahun  1993 dimana saat itu Pimpinan Daerah Muhammadiyah Majlis Pembina Kesehatan Kodia Surakarta mengajukan ijin pendirian Pendidikan D.III Kesehatan. Dan berdiri dengan nama Akademi Keperawatan Muhammadiyah Surakarta disingkat Akper Muhammadiyah Surakarta dengan ijin operasional Nomor: HK.00.06.1.1.3180 tanggal 1 September 1993. . Pendirian ini sebagai upaya kerjasama dengan pemerintah untuk memajukan kesejahteraan Ummat dan mencerdaskan kehidupan bangsa.

Banyaknya Institusi Pendidikan Tenaga Kesehatan yang muncul pada saat itu dan adanya kesamaan nama dengan Intitusi lain. Maka ± pada tahun 1994 Pimpinan Daerah Muhammadiyah Kodya Surakarta menetapkan penggantian nama dari AKPER Muhammadiyah Surakarta menjadi AKPER PKU Muhammadiyah Surakarta.

Pada tanggal 5 September 2008 Akper PKU Muhammadiyah Surakarta mendapat amanah dari Kementerian Pendidikan Nasional R.I. untuk mengelola Akbid PKU Muhammadiyah Surakarta dengan SK. Mendiknas. R.I. No.: 177/D/O/2008. Selanjutnya pada tanggal 25 Desember 2009 Akper PKU Muhammadiyah Surakarta mendapat ijin alih bina dari Depkes ke Diknas dengan nomor: 152/D/O/2009. Dan pada tanggal 28 September 2011 Akper PKU Muhammadiyah Surakarta mendapat SK. Perpanjangan Ijin dari Kementerian Pendidikan Nasional Kopertis Wilayah VI Provinsi Jawa Tengah dengan nomor: 8813/D/T/K-VI/2011.

Kemudian pada tanggal: 14 September 2012 mendapatkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor: 319/E/O/2012 tentang: Penggabungan Akademi Keperawatan (AKPER) PKU Muhammadiyah Surakarta dan Akademi Kebidanan Muhammadiyah Surakarta yang Diselenggarakan oleh Persyarikatan Muhammadiyah di Provinsi Jawa Tengah Menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (Stikes) PKU Muhammadiyah Surakarta di Kota Surakarta Provinsi Jawa Tengah yang Diselenggarakan oleh Persyarikatan Muhammadiyah di Provinsi Jawa Tengah. 

Dan pada tahun 2019 STIKES PKU Muhammadiyah berubah menjadi Institut Sain dan Teknologi PKU Muhammadiyah, yang diikuti dengan bertambahnya program studi tidak hanya dibidang Kesehatan namun juga teknologi informasi.